Zespół Szkolno - Przedszkolny w Lindowie powstał na mocy uchwały Rady Gminy Lipie z połączenia Szkoły Podstawowej im. Leona Kruczkowskiego w Lindowie z Publicznym Przedszkolem w Lindowie i rozpoczął swoja działnośc od dnia 1 września 2011 roku.
W październiku 2018 roku na podstawie uchwały Rady Gminy Lipie zminieniono imię patrona szkoły oraz nadano szkole sztandar. Obecnie Szkoła Podstawowa w Lindowie nosi imię Jana Pawła II.
Funkcję Dyrektora Zespołu Szkolno - Przedszkolnego w Lindowie od 2011 roku pełni mgr Anita Zyna.